Die Serie konzentriert sich auf die Jugendjahre von MacGyver, die vor der den Ereignissen der Kult-Serie mit Richard Dean Anderson lagen. Der sich in seinen 20ern befindliche Angus MacGyver wird in eine geheimdienstliche Organisation rekrutiert. Dort setzt er seine Gewitztheit und seine Improvisationsgabe dazu ein, lokale Probleme zu lösen und dabei zu helfen, die Entstehung von Katastrophen zu verhindern.