Hauptcharakter ist der Teenager Kevin Keene, der in sein NES (Nintendo Entertainment System) gesaugt wird und von da an als Captain N gemeinsam mit zu dieser Zeit bekannten Nintendofiguren wie Link und Zelda aus der The Legend of Zelda-Serie, Samus Aran oder Mega Man Abenteuer erlebt. Oberschurke ist meist das aus Metroid bekannte Mother Brain. Mit Hilfe seines aus der realen Welt mitgebrachten NES-Gamepads kann Captain N die Zeit anhalten (Pause-Taste) oder extrem hoch springen. Seine Lichtpistole ist innerhalb der Welt eine übermächtige Waffe.