La historia sucede en 1999 y gira en torno a Maya Kumashiro, la hija del recientemente difunto director de la academia privada Waldstein, dedicada al estudio del ocultismo y el agente Fumiaki Uchida, un joven misterioso que llega desde el 2012 mediante un viaje en el tiempo. Uchida tiene el objetivo de destruir la Llave de Nostradamus, un elemento desconocido que en pocos meses desencadenará una crisis que permitirá una invasión extradimensional, provocando una guerra que amenaza con destruir la humanidad. Uchida y Maya forman un equipo para intentar impedir que en el futuro los invasores se adueñen de la Tierra.