La historia de Juuou Mujin no Fafnir inicia ubicando al lector en el pasado, exactamente hace 25 años en un mundo en donde habitaban criaturas extrañas y sobrenaturales conocidas como “dragones” que fueron los responsables de ocasionar el caos y destrucción total previamente a su desaparición. Al poco tiempo de lo sucedido se originó el nacimiento de cuatro niñas con poderes extrasensoriales muy parecidos a los que poseían los dragones y son denominadas “D”.