Es el futuro. La Tierra se ha convertido en una zona desolada llena de desiertos y los supervivientes trabajan para reconstruir sus comunidades. Daigo Otaki es un joven huérfano criado por su tío Gen. Al llegar a adulto, Daigo decide viajar a la ciudad de Victor Town(una ciudad ideal construida en el centro de una tierra estéril) y enlistarse en las Fuerzas Especiales Mechacon. En el momento de su llegada a Victor Town, Daigo termina en medio de un ataque sorpresa a la ciudad, por parte de un ejército de invasores equipados con armas muy sofisticadas. Justo en la batalla aparece el robot Gordian y destruye a gran parte de los invasores, salvado la vida de Daigo, las Fuerzas Mechacon y a Victor Town, Daigo es tomado por Gordian y descubre a una hermana que desconocía, Saori, y que el robot fue construido por su difunto padre anticipando una posible invasión como la que la que sucedió en Victor Town. Daigo se une a Mechacon sirviendo en el 18vo regimiento. Desde ese momento Daigo se convierte en el piloto de Gordian el Guerrero, que lucha contra las fuerzas invasoras Madoctter.