Han transcurrido varios años desde The Fruit of Grisaia... Lo que en su día fue la Academia Mihama, un santuario para jovencitas, se ha transformado en una academia de entrenamiento de la SORD (Special Organization for Research & Development), dedicada a forjar nuevos talentos con miras a la defensa nacional. Rena y Maki son especialistas en armas de fuego, Tohka y Gumi destacan como francotiradoras, Chris se encarga de los explosivos y del procesamiento de datos, y Murasaki es una ninja experta en operaciones de inteligencia. Juntas, se hacen cargo de casos demasiado complejos para la policía o las Fuerzas de Autodefensa, enfrentándose a menudo a misiones muy peligrosas.