Shinichi Kudo, de diecisiete años, es un joven detective prodigio. Durante una investigación, dos matones a la fuerza, suministran a Shinichi con un veneno experimental que inesperadamente lo convierte en un niño pequeño en lugar de matarlo. Para ocultar su identidad mientras busca a la organización que intentó matarlo, Shinichi toma el nombre de Conan Edogawa. Su ex-novia Ran y su padre investigador privado con cerebro de liebre, Kogoro Mouri, acogen a Conan en su agencia de detectives. Atrapado en un cuerpo endeble, Conan resuelve crímenes, a veces ayudado por los niños de la Liga de Detectives Junior y los inventos de su viejo amigo, el Dr. Agasa.