La historia gira en torno a dos chicas. La más joven las dos, Margarette Barton, es la hija de una familia de la aristocracia europea. Apenas goza de un poco de libertad y su única compañía es su criada Elenor. Parece ser que un accidente aéreo 12 años atrás le provocó una pérdida de memoria. Por otra parte, tenemos a MADLAX, una agente de élite sin nombre y sin pasado que se dedica a combatir en paises en guerra sumidos por el caos. Nadie conoce el verdadero nombre de MADLAX o su edad. Esta serie viene de la mano del director y diseñador de personajes de Noir, anime con el que guarda grandes similitudes.