A principios del siglo XVII, cuando el mayor piloto John Blackthorne, un navegante inglés que viaja a bordo de un barco holandés, naufraga y llega a las costas de Japón tras creer haber llegado a las indias norteamericanas. Al ser rescatado, se convierte en testigo de la peligrosa lucha de Lord Toranaga, un señor feudal que pretende ser Shogun, el máximo dictador militar. Con el tiempo, Blackthorne irá conociendo poco a poco la peculiar cultura y costumbres de esas tierras, hasta quedar seducido por este país, llegando a intentar ser el primer "Gai-Jin" (extranjero) que se convierta en un guerrero samurai. Su adaptación a este nuevo mundo y su amor por la bella Mariko, en el contexto de la guerra comercial entre Inglaterra, España y Portugal.