2977. Albator, capitaine du vaisseau Arcadia, est un corsaire de l'espace. Il est condamné à mort, mais reste insaisissable. Le jeune Yama, envoyé pour l'assassiner, s'infiltre dans l'Arcadia, alors qu'Albator décide d'entrer en guerre contre la Coalition Gaia afin de défendre sa planète d'origine, la Terre.