L'histoire se déroule au Japon au début du XXIe siècle, dans une réalité autre où il est resté le shogunat Tokugawa au pouvoir. Dans cette réalité, les conseils des étudiants sont chargés d'opprimer les écoles. Yagyuu Muneakira est un élève de secondaire qui se rebelle contre son Conseil d'étudiant à l'aide des filles qui ont hérité des noms de célébres samourais qui se sont réincarnés en elles.