Dans la ville No. 6, en 2013, le jeune Shion a bénéficié d’une évaluation à son deuxième anniversaire l’ayant jugé comme possédant une intelligence très élevée, ce qui l’a placé dans le luxueux quartier « Cronos ». Il rencontre un jour Nezumi, un garçon échappé d’un camp de réforme. En tentant de le protéger, Shion se retrouve puni, allégé de tous ses privilèges et déporté dans la zone « Lost Town ». Quatre années après cet incident, un accident mystérieux entraîne Shion vers le secret de No. 6…