Un an après s'être fait mordre par une araignée génétiquement modifiée dans les entreprises de Osborn, Peter Parker, alias Spider-Man, se fait recruter par Nick Fury du S.H.I.E.L.D. pour être un super-héros plus fort et plus responsable et devenir Ultimate Spider-man. Cependant, Peter devra apprendre à travailler avec une équipe de quatre autres super-héros adolescents. Le jeune héros Spider-Man fera équipe avec Nova, Tigre blanc, Iron Fist et Power Man.