Cet anime est une nouvelle adaptation de Fate/Stay Night. L'histoire sera en partie originale par rapport au visual novel: Shirô Emiya est le fils adoptif de Kiritsugu Emiya, un mage ayant déjà participé à la "Guerre du Saint Graal". Cette guerre oppose 7 mages et 7 Servants, des "âmes héroïques" ramenés à la vie le temps des combats. 10 ans après son père, Shirô participera à une nouvelle guerre entre mages, accompagné du Servant de classe Saber. (Fate 2 route 2, suite directe de Fate/Zero)