Alors qu'elles visitent tranquillement la Tour de Tokyo avec leurs écoles respectives, Shidô Hikaru, Ryûzaki Umi et Hôôji Fû sont invoquées par la princesse Emeraude pour devenir des Magic Knights et sauver le monde de Cefiro. Téléportées sur ce dernier qui sombre dans le chaos depuis que son pilier, la princesse Emeraude, a été enlevée par le grand prêtre Zagato, nos trois héroïnes rencontrent le mage Clef qui leur explique en partie la situation. Grâce à leur indéfectible amitié et après avoir surmonté de terribles épreuves, Hikaru, Umi et Fû réussissent à trouver l'Escudo, un minerai très spécial qui permet au maître forgeron Presea de leurs forger des armes évolutives. Elles repartent alors à la recherche de la Garde Sacrée pour devenir des Magic Knights. Mais sur leur chemin, de redoutable ennemis à la solde de Zagato les attendent, fermement résolus à les éliminer...