La série suit les aventures de deux demi-fères, Phinéas Flynn et Ferb Fletcher, qui tentent de s'occuper pendant leurs vacances d'été avec d'incroyables inventions au grand regret de leur grande sœur, Candice, qui va constamment essayé de les piégés, sans succès. Sans oublier, le professeur Doofenschmirtz qui essaye de prendre le contrôle du secteur des Trois Etats avec ses plans complétement loufoques mais toujours déjouer par Perry, l'ornithorynque des garcons, qui s'avère être un agent secret.