Conan, Ran, Goro, Sonoko, Ai e i Detective Boys vengono invitati al municipio di Beika per l'anteprima di un nuovo videogioco chiamato Cocoon, alla cui creazione hanno collaborato Yusaku Kudo, il padre di Shinichi, e il dottor Agasa. In realtà, il videogioco è stato creato da Hiroki Sawada, un piccolo genio dell'informatica, che è stato però tenuto prigioniero ed obbligato a lavorare ad alcuni progetti contro la sua volontà e si è suicidato. Il gioco è una vera e propria realtà virtuale, in cui il giocatore ha l'impressione di vivere se indossa un apposito casco. Alla presentazione del gioco sono invitati i figli delle persone più importanti del Giappone, come politici, imprenditori e dirigenti della polizia.Durante il ricevimento, viene commesso un omicidio e Conan pensa che la soluzione del caso si trovi nel videogioco. Così il ragazzo decide di prendervi parte assieme a Ran, Ai ed i Detective Boys. Quando però il gioco viene avviato, un'intelligenza artificiale chiamata Arca di Noè prende il controllo del videogioco e, per conto del suo creatore, lancia una sfida: se i bambini che stanno testando il videogioco riusciranno a terminare con successo almeno una delle avventure in esso contenute, potranno vivere; se invece perderanno, una scossa elettrica li ucciderà all'istante.