Nel 2907 l'universo è popolato da 500 miliardi di esseri umani, discendenti da coloro che vennero esiliati dalla Terra. Il pianeta Terra, che tutti considerano "la casa", ora è controllato dalla Coalizione Gaia, un'entità sovranazionale decadente e corrotta che governa dittatorialmente tutto il genere umano. L'incrociatore Arcadia, comandato dal misterioso Capitan Harlock, è ormai diventato l'ultima speranza di liberare l'umanità dal giogo di Gaia: dalla Coalizione parte quindi il progetto di infiltrarsi nell'astronave per assassinare Harlock.