Scooby Doo, Shaggy Rogers, Velma Dinkley, Fred Jones e Daphne Blake sono una banda di giovani ragazzi (e un cane) che vivono a Crystal Cove la "Città più infestata al mondo" dove sono presi tra l'andare a scuola, i genitori e risolvere i misteri. I ragazzi, però, non sanno che risolvendo ogni volta un mistero si avvicinano a quello più grande di tutti, un oscuro segreto che giace sotto Crystal Cove.