Il Giappone ha inventato una nuova arma, un esoscheletro armato e potenziato chiamato IS (Infinite Stratos), che si è presto rivelato la migliore arma in circolazione. Visto che solo le donne possono usare l’IS l’equilibrio di poteri all’interno della società è molto cambiato e ora le donne sono al comando. Orimura Ichika, un ragazzo di quindici anni, è l’unico uomo in grado di controllare un IS, quindi viene costretto ad iscriversi alla scuola d’addestramento piloti. La sua nuova vita da pilota circondato da ragazze è appena cominciata.