I Borgia racconta di come Rodrigo cerchi di dar vita ad una dinastia con ogni mezzo possibile. La storia inizia con Innocenzo VIII in punto di morte, e Rodrigo che cerca di stringere accordi e creare alleanze per diventare il prossimo papa. Inoltre nella storia vediamo svilupparsi le vicende di altri personaggi, come i figli illegittimi di Rodrigo (ufficialmente loro zio): Lucrezia, Cesare e Giovanni. O ancora Giulia Farnese, l'amante di Rodrigo: la loro storia inizia quando lei aveva 15 anni e lui più di 60. Si tratta all'inizio di una relazione d'interesse; nonostante la giovane età lei lo teneva in pugno con la sua intelligenza, ma anche con la sua bellezza.