Rispetto al romanzo di Stevenson, ambientato in Inghilterra al tempo della Guerra delle due Rose, la nostra storia si trasferisce in Tirolo, teatro delle lotte tra il papato e l'Impero asburgico. Su questo sfondo si muovono i due giovani protagonisti, che dovranno crescere misurandosi con il proprio passato. Marco (Riccardo Scamarcio), orfano e allevato senza saperlo dall'assassino di suo padre, affronterà il conflitto con l'autorità paterna. Giovanna (Martina Stella), vissuta in convento, fuggirà travestita da uomo per evitare un matrimonio combinato dal suo persecutore. I due ragazzi, mossi da una comune spinta ideale, decideranno di arruolarsi nella Freccia nera, la banda di giustizieri che si oppone a Raniero (Ennio Fantastichini), il cattivissimo patrigno di Marco.