L'umanità ha perduto il controllo degli oceani a causa dell'improvvisa comparsa dalle profondità marine di misteriosi e potenti nemici chiamati "gli Abissali". Le uniche forze in grado di opporsi al nemico sono quelle delle Kan-musume ovvero delle ragazze che, con uno speciale equipaggiamento, possono utilizzare la forza delle celebri navi del passato. La base giapponese delle operazioni è in un non meglio precisato distretto navale a sud dove le Kan-musume del paese si riuniscono sotto il comando di un certo ammiraglio e dove, a un certo punto, giunge anche Fubuki, un nuovo cacciatorpediniere speciale espressamente richiesto dall'Ammiraglio.