Sono passati tre anni dalla conclusione di Digimon Adventure 02, e Tai sente che lui e i suoi amici si stanno lentamente allontanando. Tuttavia, i suoi malumori saranno presto sostituiti da preoccupazioni per fatti ben più gravi: in vari luoghi di Odaiba, infatti, ci sono problemi di malfunzionamenti di congegni elettronici, e la causa potrebbero essere dei Digimon infetti finiti, chissà come, nel mondo reale. Fortunatamente, i Digiprescelti e i loro partner si riuniranno, per affrontare questa nuova minaccia.