Tutti nel mondo usano le app per smartphone. Ma al loro interno si nascondono creature sconosciute chiamate "Appli Monsters" o "Appmon". Gli Appmon sono forme di vita artificiali con la capacità di pensare e agire, ed esistono nel confine tra il mondo umano e lo spazio digitale. Nel vasto mare di internet, il "boss ultimo" Leviathan prende il controllo degli Appmon con un virus e inizia ad hackerare ogni sistema, partendo così a controllare il mondo umano dal mondo della rete. Haru Shinkai è portato ad acquisire l'Appli Drive, e lo usa per materializzare Gatchmon, un mostro di un' app di ricerca.