Masaru Daimon è un quattordicenne combattente di strada che un giorno incontra Agumon, scappato da un'organizzazione chiamata DATS, che si occupa di prevenire e fronteggiare l'invasione di Digimon selvaggi nel nostro mondo. I due fanno presto amicizia ed entrano a far parte della DATS, dove conosceranno Touma e Yoshino e i loro partner Gaomon e Lalamon. Affrontando le varie invasioni, i sei si renderanno presto conto che dietro l'invasione dei Digimon c'è un motivo ben preciso...