Clark Kent/Superman e Lois Lane tornano a Smallville per affrontare una delle missioni più difficili dei nostri tempi: essere genitori. Devono infatti crescere i due figli Jonathan e Jordan, in attesa di scoprire se erediteranno i poteri del padre. Ma due malvagi incombono nella loro vita e metteranno a dura prova i superpoteri ormai assopiti.