Questa serie vede come protagonista un Net-Operatore di nome Lan Hikari. Vive in un mondo altamente tecnologico, in cui quasi tutti possiedono un Net-Navi, un alter ego virtuale capace di viaggiare in Internet, dove è stata addirittura creata una grande città proprio per loro: per combattere o usati per riparare oggetti elettronici. Però alcuni usano i propri amici virtuali per azioni criminali. Lan ha un Net-Guerriero molto speciale, Megaman, un robottino blu che, a causa delle sue origini, ha molti poteri in più degli altri Net-Navi. Nei Portal Entertainment Terminal (PET) vengono inseriti dei chip, chiamati Battlechip, che potenziano i Net-Navi fornendo loro armi, dotandoli di potenti abilità o proteggerli