La storia si svolge nella fatiscente città sotterranea di Lux. Gli abitanti di Lux sono arrivati a chiamarla "la Città" e trattarla come una forza senziente. Tre fazioni si contendono il controllo della città: "Organo", un conglomerato professionale con legami con la malavita e con il business delle protesi ("Texhnolyze"); "Union", un gruppo di fanatici che vogliono mettere i bastoni fra le ruote a Organo ed a "Racan", un gruppo di giovani predoni dei giovani. La serie si concentra in particolare su Ichise, un orfano, divenuto cacciatore di taglie, e che ha perso una gamba e un braccio, Onishi, un giovane dirigente di Organo che ha molti i nemici, e Ran, una bambina che ha un potere molto importante e che interessa a molti abitanti della città. Mentre affrontano le sfide che quotidianamente gli si pongono di fronte, questi personaggi saranno testimoni dei grandi eventi che determineranno il destino della città.