I fratelli Elric, Edward e Alphonse, vivono con la madre nel villaggio di Resembool. Dopo essere stati abbandonati dal padre, un famoso alchimista, anche Ed ed Al iniziano a studiare questa affascinante scienza. La morte della madre li costringe però ad infrangere un tabù: farla risorgere utilizzando l’alchimia. Ma durante la trasmutazione qualcosa va storto e i due fratelli pagano un prezzo molto alto per le loro azioni. Al perde tutto il corpo, ma la sua anima viene legata a un armatura che gli permette di restare tra i vivi, mentre Ed perde una gamba e un braccio. Così i due fratelli partono alla ricerca della Pietra Filosofale per cercare di riuscire a recuperare i loro corpi. Una lunga avventura che li porterà a scoprire verità sconvolgenti sul loro mondo e sul loro passato e che insegnerà loro il prezzo delle proprie azioni.