Un uomo si risveglia su un'isola, senza alcuna memoria di chi sia e di come sia arrivato fin li. Oltre ad assumere il nome "John Doe" (appellativo che in America viene utilizzato per indicare un uomo la cui identità è sconosciuta) si accorgerà di possedere un dono speciale e deciderà di indagare sul suo passato. Nel frattempo collaborerà con il dipartimento di polizia di Seattle per risolvere i casi più complicati, in cui la sua "onniscienza" si rivelerà fondamentale...