La trama di Utawarerumono viene focalizzata attorno al personaggio mascherato Hakuoro che un giorno viene rinvenuto da una famiglia composta da due sorelle e la loro nonna nella foresta circostante. Lui appare molto debilitato così viene portato nella loro casa e curato fino al suo ristabilirsi. Hakuoro viene così a contatto con la gente del villaggio e in breve tempo accettato, fino a che degli eventi decisivi lo porteranno a capitanare una ribellione contro l'imperatore della regione e che lo porteranno a diventare egli stesso imperatore di un vasto territorio chiamato Tusukuru. Da questa posizione però, comprende che la pace è difficile da mantenere; viene quindi costretto ad affrontare molte sanguinose battaglie per la libertà del proprio popolo.