In ogni episodio, i protagonisti Phineas e Ferb, due fratellastri, passano il tempo nei loro pomeriggi liberi estivi costruendo invenzioni impossibili per dei bambini della loro età. Le loro fantastiche invenzioni non sono adorate da tutti: la sorella maggiore di Phineas e sorellastra di Ferb, Candace, cerca invano di farli "beccare" dalla mamma. Candace non pensa solo a far "beccare" i fratelli: è interessata anche a Jeremy Johnson, un ragazzo del quale si è perdutamente innamorata; grazie alla sua migliore amica Stacy riesce a sapere tutto quello che fa e a perfezionarsi. Tuttavia sembra che la sorellina di Jeremy non veda di buon occhio la ragazza (infatti in un episodio cercherà di rovinarle il look e di allontanarla dal fratello). Perry, l'ornitorinco di Ferb, invece, è un agente segreto che combatte contro il malvagio Dottor Heinz Doofenshmirtz, riuscendo a sventare sempre i suoi malefici piani e, casualmente, a far scomparire sotto il naso di Candace le invenzioni di Phineas e Ferb. Perry, di solito, scompare dalla vista dei suoi padroni, che esclamano Ehi, dov'è Perry?, per ricomparire a fine episodio accolto da un ingenuo: Oh, eccoti qua Perry!.