La serie racconta di Flapjack, un bambino che vive con la balena Bolla a Baia Tempestalunga e che viene convinto dal pirata Capitan Scrocchio ad accompagnarlo nella ricerca dell'Isola Caramellata, la mitica isola fatta solo di dolciumi. I tre si trovano così coinvolti in una serie di improbabili avventure, durante le quali hanno a che fare con i bizzarri abitanti della Baia.