Un piccolo gruppo di militari e civili scampa ad un attacco alieno fuggendo attraverso uno Stargate impostato su coordinate sconosciute, ritrovandosi a bordo di una nave spaziale, la Destiny, che viaggia ben oltre i confini della nostra galassia. Vecchia migliaia di anni, la nave non è governabile e completamente automizzata, senza forme di vita a bordo. I pochi sopravvissuti dovranno far fronte ad avarie dei sistemi fatiscenti, mondi alieni e turbe psicologiche per poter rimanere in vita.