All'interno dell'NCIS esiste una divisione dislocata a Los Angeles preposta allo svolgimento di una serie di operazioni speciali. L'Agente "G" Callen è uno degli uomini migliori del Servizio Investigativo della Marina; la sua capacità ed il suo talento naturale per i lavori sotto copertura sono leggendari. Sam Hanna è un ex-Navy Seal che collabora con l'unità speciale dell'NCIS in quanto conosce l'arabo ed è un esperto della cultura mediorientale. Il Dottor Nate Getz è uno psicologo che assiste gli agenti operativi durante le fasi più importanti delle missioni e li consiglia sul modo migliore di procedere. Kensi Blye fa parte della squadra in quanto possiede numerose conoscenze in campo forense, mentre Eric Beale è il tecnico operativo che fa funzionare l'apparato tecnologico della divisione. Il Capo delle Operazioni è Henrietta Lange, una donna minuta, ma solo in apparenza.