小等部、中等部、高等部を擁す大型校「風華学園」から奨学金を受けることのできた鴇羽舞衣は、弟の巧海とともに転入するになった。学園での生活を始めた舞衣は、異形のモンスター「オーファン」に襲われる巧海の救おうとした時、「HiME（Highly-advanced Materialising Equipment）」と呼ばれる特殊能力の目覚めてしまう。覚醒を果たした舞衣は、「HiME」や「オーファン」にまつわる怪事件に巻き込まれていく……。