ジャパニウム鉱石から採取されるスーパーエネルギー・光子力。その光子力を狙って、世界征服を企むDr.ヘルが光子力研究所に攻め寄せる。主人公、兜甲児は、祖父・十蔵の作ったスーパーロボット・マジンガーZに乗り戦うことに。Dr.ヘルは配下のあしゅら男爵、ブロッケン伯爵らとともに、バードス島より発掘された機械の獣・機械獣を操り甲児の前に立ちはだかる。最強の金属・超合金Zで作られたマジンガーZとともに激闘の中に身を投じる甲児。だがこの戦いには兜一族とDr.ヘルとの過去の因縁、ミケーネ文明・バードス島の謎、マジンガーZの秘密など多くの物語が隠されていた！