1000년후의 미래, 전투용으로 만들어진 우주 전함의 기술이 비약적으로 발달하여 더이상 여러명을 태울 이유도 없어지고 완벽에 가까운 안전장치로 인해 더이상의 전사자가 나오지 않게 되었다. 그러다보니 이러한 우주 전함들은 장갑, 무기, 색상까지 개인에게 맞춰지고 이러한 우주 전함을 이용해 하는 전투는 스포츠화 되어버렸다. 한편 이런 미래와 먼 20세기에 사는 15세의 야마모토 요코는 '어쩔 수 없다'라는 말을 가장 싫어하는 여고생으로, 운동만능에 성적우수를 가진 조금 우수하지만 평범한 여학생이다. 특히나 요코는 슈팅과 액션 게임을 좋아해서 '폴리곤의 여왕'이라는 별명도 가지고 있을 정도로 게임광이다. 이런 그녀에게 어느날 먼 미래 30세기에서 요청이 들어온다. 그것은 바로 TERRA의 우주 전함의 파일럿이 되어서 사악한 침략자인 NESS와 대결해달라는 것. 이를 받아들인 요코는 자신에게 맞춰진 우주 전함에 탑승하여 우주 전쟁에 들어가는데...