젠트라디와의 전쟁으로 괴멸적인 타격을 받은 지구와 인류. 마크로스 함장이었던 글로벌은 이 우주엔 아직도 기간 함대와 같은 수많은 함대가 존재하고 만약 그들과 조우하여 다시 전쟁이 벌어진다면, 인류가 멸망해 문화의 맥이 끊길 것이라고 생각한다. 그래서 어떻게든 문화의 '씨앗'을 우주에 널리 뿌려두기 위해 인류의 외계 이민 계획을 실행시킨다. 수차례의 이민선단이 지구를 출발했고, 그 중 일부는 거주가능한 별을 발견해서 정착해 그곳에 문화의 뿌리를 내리곤 했다.2045년, 이야기는 그러한 이민선단중 하나인 '마크로스 7'을 무대로 시작된다. 마크로스 7의 앞에 나타난 정체불명의 적들. 그들은 '스피리치아'라는 일종의 '생명 에너지'를 빼앗아 자신들의 에너지원으로 삼는 '프로토 데빌른'이란 종족이다. 한편 마크로스 7의 록그룹 'FIRE BOMBER'에 속해있는 록가수 '넥키 바사라'는 항상 자신의 노래를 누군가에게 들려주고 싶어한다. 새로이 전쟁이 발발하자, 발키리를 타고 전선으로 향해 노래를 불러댄다.프로토 데빌른의 수장인 게페르니치는 인류가 한번 스피리치아를 빼앗겼다가도 다시금 그것을 되찾는 것을 보고 마크로스 7과 탑승한 인간을 통째로 붙잡아서 무한한 스피리치아의 공급원으로 삼을 계획을 세운다. 특히, 바사라의 노래가 스피리치아의 회복에 큰 힘을 갖는 것을 깨닫고는 그를 '아니마 스피리치아'라 부르며 이용할 궁리를 한다.한편 마크로스7의 맥스 함장을 비롯한 수뇌부는 바사라의 노래가 적인 프로토 데빌른에게 강한 영향을 주는 것을 깨닫고 'FIRE BOMBER'의 인원들을 '사운드 포스'라는 독립된 부대로 편성한다. 이들은 프로토 데빌른과의 싸움을 거치면서 그들의 본질