“그것은 금지된 노래... 불러라! 라제폰!” 21세기 초 토쿄의 중심지. 어머니와 단둘이 생활하는 고등학생 카미나 아야토는, 모의시험장으로 향하는 도중에 갑자기 상공에 나타난 수수께끼의 항공 부대의 공격을 받게 된다. 파괴된 거리는 아야토 자신이 예전에 그린 그림과 지나치게 닮아 있으며, 그 풍경 속에서 불가사의한 소녀 미시마 레이카를 만난다. 레이카에게 이끌리듯이 그는 지하철을 타고, 어떤 신전에 간신히 도착하게 된다. 그곳에서 아야토는 거대한 알로부터 인간형 초병기 '라제폰'이 출현하는 순간을 우연히 목격하게 된다. "진실을 보여줄게"라는 말에 따라, 수수께끼의 여성 시토우 하루카와 도쿄를 탈출하려고 시도하지만 레이카에 이끌려 라제폰에 동조, 체내로 들어간다. 마침내 눈을 뜨는 시기가 왔다!! 밖에서 지구를 본 아야토, 거기에서 거대한 목성과 같은 'TOKYO JUPITER'를 목격한다. 도쿄는 수수께끼의 존재 MU에 점거되어 있으며, 게다가 MU가 만든 이상한 막 속에서 폐쇄되어 사람들은 거짓의 생활을 하게 하고 있었다. 게다가 외부에는 12년이나 앞의 시간이 흐르고 있었던 것이다... 도렘이라는 적과의 싸움, 많은 사람들과의 만남, 어머니가 숨기고 있는 과거, 그리고 자신과 라제폰의 관계... 그곳에는 많은 비밀이 숨겨져 있었다. 토쿄를 지배하는 '푸른 피'의 인간이란 누구인가? 아야토와 라제폰에는 어떤 관계가 있는지? 그리고 진실의 세계에서, 아야토를 기다리는 운명은 무엇인가? 신세기, SF 메카닉 애니메이션의 새로운 기준을 제시하겠다는 야심찬 포부를 내세워 화제를 모았던 작품. 이전 1990년대 메카닉 애니메이션의 기준을 '신세기 에반게리온'이 뿌리부터 바