夜中に子供たちの枕元に現れて「願いを叶えたいか？」と耳元でささやく、白い布をかぶった謎のおばけ。どうしても叶えたい願いがあった一樹たちは、おばけに導かれるまま、「おばけずかん」を探すことに。瑤子先生と一緒に、あやしい店主のいる迷路のような古本屋で図鑑を手に入れるが、古本屋から出た外の世界は、もう彼らの知っている世界ではなかった。図鑑の秘密を知る図鑑坊の力を借り、おばけたちを相手に命がけの試練に挑むことになる子供たち。彼らはおばけを図鑑に封印することで願いを叶え、運命を変えることはできるのか？