Stark, erbarmungslos, blutrünstig: Zur Zeit der industriellen Revolution hat ein Virus die Menschen im feudalen Hinomoto in Kabane, lebende Leichen, verwandelt. Die Überlebenden haben sich in Bahnhöfen verschanzt, die nur durch gepanzerte Zugfestungen erreicht werden können. Als eines Tages eine Dampflok voller Kabane in den Bahnhof Aragane rast, infiziert sich ein Großteil der Bevölkerung durch die Bisse der untoten Monster. Auch Dampfschmied Ikoma wird von einem Kabane angefallen, kann den Virus dank seiner eigenen Nachforschungen jedoch aufhalten. Nun ist er halb Kabane, halb Mensch: ein sogenannter Kabaneri! Gemeinsam mit der starken Mumei, die ebenfalls eine Kabaneri ist, kann er in der Eisernen Festung entkommen. Doch auch der Yashiro-Bahnhof, die nächste Station auf der Fahrt nach Kongokaku, sendet kein Signal zurück...