Op zoek naar een doel in haar leven meldt Hisone Amakasu zich aan bij het Japanse Air Self-Defence Force en wordt gestationeerd op vliegbasis Gifu. Tijdens een bezoek aan een deel van de basis waarvan ze het bestaan niet wist, stuit Hisone op een groot geheim: de Organic Transformed Flyer. Het is een mechanische draak die zichzelf kan camoufleren als een vliegtuig. Nadat Hisone door de draak wordt opgeslokt en uitgespuugd, vertellen haar commandanten dat ze is uitverkoren om de volgende drakenpiloot te worden. Ze zal haar onzekerheden moeten overwinnen om haar potentieel als drakenpiloot te ontdekken en de geheimen achter de OTF te ontrafelen.