Merlin is een jonge tovenaar die door zijn moeder naar Camelot wordt gezonden om in te komen wonen bij de hofarts, Gaius. Hij ontdekt dat de koning, Uther Pendragon, het gebruik van magie verafschuwt en heeft verboden door het hele koninkrijk. Merlin moet zijn magie dan ook verborgen houden om niet het risico te lopen geëxecuteerd te worden. Tevens ontdekt Merlin dat Uther een draak gevangen houdt onder Camelot. Deze draak, de laatste op de wereld, openbaart aan Merlin dat hij een belangrijke rol zal spelen in het beschermen van Uther's zoon Arthur. Arthur zal, zo zegt de draak, een beter en eerlijker koninkrijk vormen. Hetgeen voor Merlin moeilijk te geloven valt aangezien Merlin het idee heeft dat Arthur een arrogante, omhooggevallen prins is. Andersom heeft Arthur ook geen hoge dunk van Merlin. Echter hun lot is is onomstotelijk met elkaar verbonden...