Akcja rozgrywa się na początku XXI wieku, w alternatywnej rzeczywistości, gdzie szogunat Tokugawa nadal pozostaje przy władzy. Prowadzona przez szogunat Akademia Buou jest szkołą, w której dzieci samurajów odbierają arystokratyczną edukację, aby przewodzić nowemu pokoleniu Japonii. Główny bohater opowieści, Muneakira Yagyuu, przybywa do miasta położonego u stóp góry Fudżi celem uczęszczania do tej właśnie akademii. Nieszczęśliwym zbiegiem okoliczności tuż po przyjeździe wplątuje się w konflikt pomiędzy radą uczniowską a rodem Toyotomi, który jest we wrogich relacjach z szogunatem. Ogólnego chaosu dopełnia pojawienie się dziewczyny o imieniu Jubei Yagyuu, która spada z nieba w ramiona Muneakiry, a zaraz potem przybiera postać Master Samurai, niezwykle potężnego wojownika, podległego swojemu generałowi.