Serial opisuje historię Ethana Burke'a (Matt Dillon), amerykańskiego tajnego agenta, który udaje się do miasteczka o nazwie Wayward Pines, w Idaho, w poszukiwaniu dwóch zaginionych agentów federalnych. Po drodze ulega wypadkowi samochodowemu i budzi się w tytułowym miasteczku bez dokumentów, telefonu i żadnych rzeczy osobistych. Ranny trafia do miejscowego szpitala, gdzie zostaje poinformowany o rzekomym urazie mózgu i możliwych halucynacjach. Zaniepokojony podejrzanym zachowaniem pielęgniarki i lekarza ucieka ze szpitala. Miasteczko wydaje się idyllicznym miejscem zamieszkałym przez szczęśliwych ludzi, jednak żyją oni w ciągłym strachu, a każdy ich krok jest monitorowany. Jedną z zasad mieszkańców jest zakaz rozmów o przeszłości. Żadne próby nawiązania połączenia ze światem zewnętrznym nie dochodzą do skutku.