Kiedy Aku zaczyna siać spustoszenie na świecie, rodzice Samuraja wysyłają go w podróż. Podczas niej ma się on przygotować do pokonania Aku, pobierając wieloletnie nauki u mędrców, mnichów i filozofów. Kiedy dochodzi do walki między Aku i Samurajem, ten podstępnie wpycha go w wrota czasu prowadzące do przyszłości. Odtąd Jack będzie próbował powrócić do przeszłości, by pokonać Aku. Na jego drodze pojawią się zaś zarówno sprzymierzeńcy jak i zajadli wrogowie.