Przygody pingwinów z centralnego ZOO w NY. Czwórka głównych bohaterów: Alex, Marty, Gloria, i Melman pozostała w Afryce, aby odpocząć po wydarzeniach z filmu Madagascar: Escape 2 Africa. Grupka pingwinów: Skipper (lider), Kowalski (największy inteligent), Szeregowy (najmłodszy członek) and Rico (najbardziej szalony), powróciła do Central Parku w Nowym Jorku. Ich zadanie to wykonanie specjalnej misji, która umożliwi im "kontrolę nad metropolią". Niestety pojawiają się pewne trudności, a na dodatek do miasta przybywa Julian - Król Lemurów.