COBRA é uma empresa que atinge diversos setores do mundo, ajudando a todos com suas pesquisas e desenvolvimento de tecnologias. Mas, algo não está certo, e para investigar, a Tenente O’Hara junta-se a Duke, Ripcord, Tunnel Rat, Roadblock e Snake Eyes e iniciam uma missão para verificar as Empresas COBRA a fundo. Mas, culpados por um crime que não cometeram, os Joes agora estão por conta própria, em busca de sua inocência.